HIV-1基因PR区和RT区基因耐药突变检测之PCR-测序法的建立与评价

作者：刘悦; 董子维; 陈悦宁; 谢龙; 李瑞玲; 蒋析文^*

来源：热带医学杂志, 2021, 21(09): 1115-1142.

• HIV-1
• PCR
• 测序
• 耐药突变

目的应用巢式PCR和Sanger测序技术,建立一种人类免疫缺陷病毒(HIV)-1 pol基因蛋白酶(PR)区及逆转录酶(RT)区耐药突变检测的方法。方法根据HIV-1 pol基因保守区域设计特异性的2对扩增引物和6条测序引物,使用巢式PCR特异性扩增HIV-1 PR区以及RT区耐药突变基因序列,进而对靶标基因区域进行双向Sanger测序检测,实现了HIV-1基因PR区和RT区基因耐药突变检测的高灵敏性、特异性、准确性。结果本研究所建立的针对HIV-1 pol基因PR区和RT区耐药突变的检测方法,巢式PCR结果经琼脂糖凝胶电泳鉴定有清晰、单一条带,符合扩增产物大小,其Sanger测序检测的HIV-1 PR区以及RT区耐药突变基因序列分析结果与HIV-1耐药性分析国家参考品一致。灵敏度:1×103copies/mL浓度的标准品重复测20次,检出率为100%;突变率检测:20%突变率的样本20个重复检测均100%为突变型;特异性验证:检测HBV、HCV、EBV血清样本,均为阴性。结论本研究建立的以巢式PCR和Sanger测序相结合的检测方法,具有灵敏度高、准确性高、结果可靠等优点,适用于HIV-1pol基因PR区以及RT区耐药突变的体外检测。