短芒大麦草转录组SSR序列特征分析

作者：尹航; 李冰; 张明智; 付维峰; 孙旭; 巩林; 崔国文

来源：分子植物育种, 2021, 1-9.

• 短芒大麦草
• 转录组
• SSR

短芒大麦草是优质生态改良草种，但目前利用分子标记开发方面研究较少。本研究在短芒大麦草的214 676条Unigene序列中查找SSR位点，共检测到24 877个SSR分布于21 618条Unigene序列中。重复类型数量由多到少的顺序为：单核苷酸＞三核苷酸＞二核苷酸。对短芒大麦草SSR不同重复类型在不同重复次数下的数量进行统计分析，结果表明，重复次数变化范围在5～24次之间，占比65.70%，说明基于短芒大麦转录组SSR开发具有很大可能性。重复类型中，SSR 5次重复的数量最多，为5 237个，是总数的21.05%；其次为10次重复，共4 861个，占总数的19.54%。利用Primer 3软件设计SSR引物，Unigene序列上的24 877个SSR位点中设计成功的引物共有20 802个，成功率为83.62%。对引物进行随机检测，成功率为80%。为短芒大麦草SSR分子标记开发应用、种质资源遗传性评价、分子标记的辅助育种等提供参考。

• 单位
  东北农业大学