抑郁症患者脑组织转录组基因表达谱的整合分析

作者：张珊; 陈巍; 李丽; 赵静洁^*

来源：中华行为医学与脑科学杂志, 2020, 29(09).

• 抑郁症
• 转录组
• 差异表达基因
• 功能富集分析

目的分析抑郁症患者较健康人各脑区转录组基因的差异表达情况。方法在基因表达谱数据库(gene expression omnibus, GEO)中搜索抑郁症病例-对照设计并含有原始数据的研究, 设定物种为人。以各数据集所有转录组基因为观察变量, 利用在线软件Network Analyst进行主成分分析(principal component analysis, PCA), 整体评估抑郁症患者各个脑区(包括前额叶、前扣带回、杏仁核、海马)相对正常人各脑区的转录组改变差异的程度。利用limma算法分别筛选倍数变化为1.2倍、1.5倍、2.0倍的差异基因(differentially expressed gene, DEG), P<0.05为差异有统计学意义。对来源于不同数据集不同脑区的差异基因进行维恩分析, 以获取该脑区稳定的差异表达基因。利用DAVID在线软件对稳定差异表达的基因进行功能富集分析, 探讨抑郁症患者不同脑区的GO功能及KEGG通路的改变情况。结果抑郁症患者各个脑区(前额叶、前扣带回、杏仁核)相对健康对照各个脑区的转录组整体水平改变程度较轻, 基于转录组基因表达水平进行的主成分分析无法有效区分健康-疾病状态;几乎不存在倍数变化大于2.0倍的差异表达基因;维恩分析结果提示不同脑区的多个数据集差异基因无交集;倍数变化大于1.2倍相对稳定的差异表达基因功能与抑郁症无直接关联。结论抑郁症疾病状态下, 患者脑组织转录组水平改变微乎其微, 因多方面限制识别抑郁症易感特定基因仍具有挑战性。

• 单位
  首都医科大学附属北京友谊医院