非法经营罪作为当前高发犯罪,既有社会发展与综合治理之间冲突的因素,也有该罪本身具有兜底属性的原因。当前入罪过程中还存在着以社会危害性入罪、行刑衔接不畅、保护法益不确定等问题,在具体法律适用过程中可通过增加对行为目的的判断、加强行刑衔接、明确保护法益、进行常识判断等方法提升案件办理质效,以实现政治效果、社会效果和法律效果的有机统一。