TPM:基于Taverna的PCR引物设计与评估工作流系统

作者：屈武斌; 杭兴宜; 申志勇; 李稚锋; 张成岗; 杨毅

来源：四川大学学报(自然科学版), 2009, (06): 1685-1690.

• 生物信息学
• MFEprimer
• 引物设计
• 引物评估
• Taverna
• 工作流 bioinformatics
• primer design
• primer evaluation
• workflow

PCR引物设计是PCR实验中关键而重要的一步,而引物的特异性情况直接影响着PCR实验的成败.首先,设计了基于多因素(序列相似性,引物3′末端自由能,Tm等)的PCR引物特异性评估工具-MFEprimer;其次,在MFEprimer的基础上,结合引物设计软件primer3,在Taverna工作流平台上构建了PCR引物设计(primer3)与评估(MFEprimer)一体的工作流系统-TPM(Taverna-Primer3-MFEprimer),实现了从引物设计到评估的自动化分析流程,使用简单方便.

• 单位
  生物资源与生态环境教育部重点实验室; 四川大学; 蛋白质组学国家重点实验室; 军事医学科学院放射与辐射医学研究所; 生命科学学院