基于数据挖掘分析ABAT基因在肝细胞癌中的表达及意义

作者：张玉鹏; 王帆; 陈鹏飞; 刘适; 刘岚; 常莹; 赵秋^*

来源：临床肝胆病杂志, 2019, 35(03): 553-558.

• 癌,肝细胞
• 4-氨基丁酸转氨酶
• 数据库,遗传学
• 基因

目的利用数据库分析基因ABAT在肝细胞癌中的表达以及意义。方法利用Oncomine数据库及GEPIA分析ABAT在肝细胞癌组织中的表达情况;利用GEPIA做ABAT mRNA与肝细胞癌患者生存期以及与病理分期程度的相关性分析;经MethHC数据库分析ABAT基因启动子区甲基化水平; String数据库分析与ABAT蛋白相互作用的蛋白网络;通过The Human Protein Atlas分析ABAT蛋白在肝细胞癌组织中的表达情况以及ABAT在蛋白水平上对患者预后的影响。结果 mRNA水平上,ABAT在肝细胞癌组织中较正常肝组织显著低表达,其mRNA水平低者预后较差(log-rank,P=0. 002 1),ABAT mRNA水平越低者病理分期恶性程度越高(P=0. 002 34)。ABAT蛋白在肝细胞癌组织中也较正常肝组织表达降低,蛋白表达水平低的患者预后较差(log-rank,P=2. 14×10-3)。肝细胞癌中ABAT基因启动子区甲基化水平较正常肝组织显著升高(P <0. 005)。与ABAT相互作用的蛋白有ALDH1A3、ALDH9A1、ALDH3A2、GAD1、GAD2等,可能参与细胞凋亡、氧化还原及神经递质分泌等细胞功能。结论通过肿瘤基因数据库信息挖掘发现,无论在mRNA水平或是蛋白水平上,ABAT在肝细胞癌组织中呈低表达,且与患者生存期有关。目前采用数据库挖掘分析数据可为临床上肝细胞癌的诊断以及预后评估提供参考,将为后续的肿瘤研究提供重要的理论依据。

• 单位
  武汉大学中南医院