串联重复序列在琴叶拟南芥基因组中的特征探究

作者：赵志新^*; 王葳蕤; 李春鑫

来源：基因组学与应用生物学, 2021, 40(03): 1289-1299.

DOI：10.13417/j.gab.040.001289

• 琴叶拟南芥
• 基因组
• 串联重复序列
• 特征

串联重复序列广泛存在于真核生物的基因组中,它通过影响染色质的空间结构及基因表达从而影响生物的遗传与进化。本研究以琴叶拟南芥(Arabidopsis lyrata)基因组为材料,分析了1～50 bp重复单元的串联重复序列特征。研究发现串联重复序列在基因的5’UTR和启动子区域密度最高(8 757 bp/Mb, 8 430 bp/Mb),而编码区CDS的密度最低(2 406 bp/Mb)。基因组中重复模体最高的为单核苷酸重复的T/A碱基,5’UTR中包含大量的二核苷酸重复模体,而在CDS中主要是三核酸重复模体。串联重复序列特征在琴叶拟南芥基因组不同区域的差别,显示其与基因表达和调控功能相适应。本研究深入探讨了串联重复序列在植物基因组中的特征及作用,为重复序列调控基因表达及植物基因组进化提供借鉴。

• 单位
  河南省农业科学院小麦研究所; 西北大学; 生命科学学院