在总体国家安全观的视阈下,通过总结我国种业发展、种质资源保护、科研创新、违法犯罪行为打击等方面现状,发现当前我国种子安全存在五大问题:民族种业自主创新能力不强,外企先入为主;种子市场鱼龙混杂,执法监管乏力;涉种子犯罪错综复杂,公安机关打击困难;转基因、农业恐怖主义等安全性问题交叉出现。应通过做强民族种业、完善转基因种子安全性评定、规范市场监管、严厉打击涉种子安全犯罪、树立种子安全观等手段,保障我国种子安全。