本发明公开一种基于密母算法的双网耦合拓扑结构设计方法,其实现步骤是:生成初始种群;对初始种群执行种群交叉操作;对优化种群执行局部搜索操作;生成合并种群;得到局部最优双网耦合拓扑结构;反复迭代至局部最优双网耦合拓扑结构的网络鲁棒性收敛;得到并输出最优双网耦合拓扑结构。本发明在不改变双网耦合拓扑结构数量,保证网络的整体功能性的同时,得到高网络鲁棒性的双网耦合结构,可用于设计双网耦合拓扑结构。