公司利益的不确定性具有多种表现,其存在有其必然性与必要性。公司的营利性要求适度的公司利益不确定性,不受控制的不确定性则蕴含风险。对公司利益的不确定性应进行实体上的控制、自我控制与司法控制。实体控制可从利益构成、客体范围及对相关行为的控制进行。自我控制包括从组织上的控制和程序上的控制。司法控制则主要体现为司法对公司利益判断的程序审查,但不应绝对排除对其进行实体审查。公司法中缺乏对公司利益不确定性控制的系统性安排,可增加监事会决议瑕疵制度、公司机会的认定标准、商业判断规则等。