长江保护法正式施行后,我国生态文明建设流域治理开启新篇章,跨区域协作机制在各个层面开始广泛建立,但在跨区域生态环境司法保护实践过程中,仍然面临一些问题,亟需从立法保障、机构设置、考核运用、队伍建设等方面予以解决。本文综述了跨区域生态环境司法保护制度,分析了当前跨区域生态环境司法保护所面临的问题和困难,并以丹江口库区跨区域司法协作为例,尝试提出解决路径,以期为长江流域、黄河流域乃至全国生态环境司法保护提供参考。