叶绿体是植物把光能转化为化学能的重要细胞器,具有独立的基因组,随着基因测序技术的发展,叶绿体基因组在植物学研究中的应用越来越广泛。本文介绍了叶绿体基因组的结构并综述了其在光合作用机制、物种鉴定、系统发育、居群遗传学、谱系地理学、核质互作和叶绿体基因工程中的应用进展。