本发明提供一种基于乳腺癌疾病的功能网络特征分析方法。包括:(1)整合了多种关系网络,包括药物-疾病网络、药物-药物网络、药物-靶点网络、靶点-靶点网络,并对网络进行了一系列网络拓扑结构性分析。(2)基于乳腺癌功能网络的拓扑结构关系,挖掘出11种可描述药物-靶点相互作用关系的特征信息。(3)开发了相关的乳腺癌功能网络特征提取工具。本发明方法针对药物重定位这一问题,建立了一种适合乳腺癌疾病特点的功能网络分析方法,并利用该方法预测其潜在靶点和药物新用途,获得了较好的预测效果。