红树莓CPP转录因子家族的生物信息学及表达分析

作者：郑奕宸; 李明; 李闯; 吴菁菁; 李寒; 顾玉红^*

来源：河北农业大学学报, 2023, 46(06): 58-65.

DOI：10.13320/j.cnki.jauh.2023.0093

• 红树莓
• CPP转录因子家族
• 生物信息学分析
• 表达分析

为探索CPP转录因子家族在红树莓果实中的功能，本研究通过生物信息学技术与表达分析结合的方法，在‘海尔特兹’红树莓转录组数据库中检索到的CPP转录因子家族进行生物信息学分析、转录表达量分析和qRT-PCR表达分析。结果表明：红树莓CPP基因家族包括4个成员，相对分子质量在47 175.57～86 763.46 kD之间，等电点在5.83～9.20之间，为不稳定、亲水性的蛋白质，无信号肽，定位于细胞核，无跨膜结构，含有2个CXC保守结构域，结构主要由无规则卷曲构成，含有8～12个外显子，7～8个保守基序，与拟南芥的CPP基因亲缘关系较近，含有生长素、脱落酸、赤霉素、水杨酸、防御和应激、干旱诱导等顺式作用元件，转录表达和qRT-PCR表达均分析发现RuCPP-1和RuCPP-4基因在青果时期的表达量最高，RuCPP-2和RuCPP-3基因分别在红果和深红果时期的表达量最高，推测RuCPP基因家族可能参与调控生长素、脱落酸、赤霉素、水杨酸等反应。

• 单位
  河北农业大学; 生命科学学院