CHAP抗生酶数据库的构建及其信息分析

作者：唐立成; 吴宏宇; 黄青山^*

来源：中国抗生素杂志, 2019, 44(08): 904-909.

DOI：10.13461/j.cnki.cja.006742

• 细菌耐药性
• 抗生酶
• CHAP结构域
• 数据库

目的建立CHAP抗生酶数据库,对已知的CHAP抗生酶信息进行收集整理,为研究其功能机制,和设计研发新型CHAP抗生酶提供帮助。方法收集公共数据库和科学文献中的CHAP抗生酶信息,使用UniProtKB,InterPro,PDB,GO和BioPerl进行信息关联和信息注释;使用Apache, MySQL,PHP,Perl和jQuery构建数据库及WEB页面。结果构建了基于WAMP架构的CHAP抗生酶数据库(http://biotechlab.fudan.edu.cn/database/chap),包含来自于263种来源的1572种CHAP抗生酶,WEB界面提供浏览、搜索和统计信息等功能,允许用户以自定义的搜索标准快速获取数据,并对CHAP抗生酶的序列、结构、来源、功能、物化性质等信息进行分析。结论本研究建立的CHAP抗生酶数据库作为抗生酶研究的一个独特工具,具有多种潜在的应用,为进行CHAP抗生酶研究的研究者提供了一个极有用的研究平台。

• 单位
  上海高科联合生物技术研发有限公司; 复旦大学; 遗传工程国家重点实验室