深圳市首例本土新型冠状病毒Omicron变异株BA.1和BA.2亚型的基因组特征分析

作者：屈雅丽; 陈龙; 唐秀娟; 陈建成; 吕秋莹; 孙颖; 魏欣仪; 卢清菊; 高玮; 朱灿; 李诗敏; 周莎; 张仁利; 胡贵方; 何雅青

来源：病毒学报, 2022, 38(04): 769-775.

DOI：10.13242/j.cnki.bingduxuebao.004167

• Omicron变异株
• BA.1亚型
• BA.2亚型
• 基因组流行病学
• 新型冠状病毒(SARS-CoV-2)

为了解本土新型冠状病毒（SARS-CoV-2）变异株的分子特征，本研究对深圳市首次确认的本土Omicron变异株的BA.1和BA.2亚型毒株进行了基因组特征分析。通过Illumina测序，2022年1月16号和1月18号分别获得了深圳市首次确认的本土Omicron变异株BA.1亚型和BA.2亚型毒株的基因组长度分别为29 862nt和29 391nt。与参考株Wuhan-Hu-1(NC＿045512.2)比较，深圳BA.1亚型毒株hCoV-19/Shenzhen/IVDC-01-16/2022有60个核苷酸变异位点，深圳本土BA.2亚型毒株hCoV-19/Shenzhen/IVDC-01-18/2022有67个核苷酸变异位点。通过与GISAID数据库序列比对发现，深圳BA.1亚型毒株hCoV-19/Shenzhen/IVDC-01-16/2022与2021年12月加拿大的毒株hCoV-19/Canada/NB-CHUDGLD-1312-MM01207R/2021相似性最高，基因组序列一致性为100%。深圳本土BA.2亚型毒株hCoV-19/Shenzhen/IVDC-01-18/2022与2021年12月日本的毒株hCoV-19/Japan/IC-2879/2021相似性最高，基因组序列仅在ORF6基因上表现出1个核苷酸差异（C27297T）。开展本土的SARS-CoV-2病毒的分子监测，对预防与控制本地新型冠状病毒肺炎（COVID-19）暴发与流行具有重要意义。

• 单位
  南方医科大学; 南华大学; 深圳市疾病预防控制中心; 公共卫生学院