生物信息学筛选和分析非酒精性脂肪性肝病特征差异表达关键基因

作者：丁洁霞; 黄文豹; 蒋小仙; 张丽旦; 方洪; 金洁^*

来源：中华肝脏病杂志, 2022, 30(03): 297-303.

• 非酒精性脂肪性肝病
• 生物信息学
• 关键基因
• 诊断标志物

目的应用生物信息学方法筛选和分析非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)特征差异表达关键基因。方法 GEO数据库中下载NAFLD相关的表达矩阵GSE89632, 使用Limma包筛选健康样本、脂肪变性(SS)样本和非酒精性脂肪性肝炎(NASH)样本差异表达基因(DEGs), WGCNA分析输出模块基因;模块基因与差异基因取交集确定特征差异基因, 随后进行GO功能和KEGG信号通路富集分析。使用在线网站STRING和Cytoscape软件构建蛋白互作网络(PPI), 并筛选关键(Hub)基因。最后使用R软件进行Hub基因的受试者操作特征曲线(ROC)分析。结果经筛选共获得92个特征差异表达基因, 主要富集于 "脂多糖反应和细菌起源分子反应"的炎症反应相关功能, 以及"癌症中蛋白聚糖"和"T细胞白血病病毒感染相关"癌症信号通路。10个Hub基因(FOS, CXCL8, SERPINE1, CYR61, THBS1, FOSL1, CCL2, MYC, SOCS3和ATF3)具有较好的诊断价值。结论通过生物信息学分析获得的10个NAFLD疾病相关特征差异表达Hub基因, 可能成为NAFLD的诊断和预后标志物及潜在治疗靶点, 有待进一步基础和临床研究验证。

• 单位
  杭州市第一人民医院; 浙江大学