新型十万目六边形微腔芯片数字PCR对肺癌基因突变的绝对定量分析

作者：冯攀; 郭铭静; 李刚; 谢腾宝; 张立群; 刘飞; 蒲晓允^*

来源：第三军医大学学报, 2021, 43(08): 675-682.

DOI：10.16016/j.1000-5404.202101070

• 微流控芯片
• 数字PCR
• 肺癌
• 基因突变
• 核酸检测

目的以表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor, EGFR)G719S突变为对象,建立用于肺癌基因突变绝对定量分析的新型十万目六边形微腔芯片(novel 100 000 hexagonal microchamber chip, NHMC)数字PCR(digital PCR,dPCR)平台。方法首先构建并优化适用于EGFR G719S突变的PCR检测体系;然后用NHMC-dPCR平台检测8个浓度梯度的EGFR G719S标准品质粒和4种干扰物质,评估该方法的灵敏度、特异性和抗干扰能力;最后分别用NHMC-dPCR、液滴式数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)和DNA测序法检测6例EGFR G719X突变的肺癌组织样本,验证NHMC-dPCR在临床样本检测中的可靠性。结果 NHMC-dPCR对EGFR G719S的最低检测浓度为3.01 copies/μL,检测值与期望值的线性方程为Y=0.725X-0.581,相关系数R2=0.984。该平台检测4种干扰物未发现阳性拷贝,检测G719S突变及其与4种干扰物混合的结果分别为23 194.4 copies和22 095.7 copies。NHMC-dPCR、ddPCR和DNA测序3种方法检测6例临床样本的定性结果符合率为100%,其中2例由NHMC-dPCR定量的结果为1 822.4 copies和451.7 copies,其对应由ddPCR定量的结果为1 581.8 copies和218.3 copies。结论本研究建立的核酸绝对定量技术——NHMC-dPCR具有成本低、操作简单、速度快、抗干扰能力强等优点,可用于肺癌基因突变的绝对定量分析。

• 单位
  中国人民解放军陆军军医大学; 重庆大学; 第三军医大学