基于转录组的沟渠豹蛛SSR信息分析

作者：宁青; 王立华; 戴余军; 李国元; ***^*

来源：基因组学与应用生物学, 2020, 39(12): 5464-5470.

DOI：10.13417/j.gab.039.005464

• 沟渠豹蛛
• 转录组
• SSR信息分析

沟渠豹蛛为中国农田广泛分布的游猎型蜘蛛。为评价沟渠豹蛛的基因型多态性,加强害虫天敌的保护与利用,本研究基于沟渠豹蛛转录组数据,挖掘和分析了其SSR位点。结果发现在筛选得到的13 366大于1 kb的Unigene序列中有10 708个SSR,发生频率为80.12%,重复基元有69种,平均每隔12.13 bp出现一个SSR位点。沟渠豹蛛转录组序列的SSR主要集中在单碱基重复(72.67%)和二碱基重复(20.34%),其中单碱基重复中的优势重复基元为A/T (69.19%),二碱基重复中的优势重复基元为AT/AT(14.18%)。SSR以重复次数为10,且长度为10 bp的短序列为主。研究结果可为沟渠豹蛛遗传多样性分析和遗传图谱构建等提供参考。

• 单位
  湖北工程学院; 生命科学技术学院