草鱼ROCK1基因全长克隆、生物信息学分析及组织差异表达

作者：潘雯倩; 汪军鹏; 甘甜; 胡静; 魏静; 土志涵; 冷向军; 李小勤

来源：基因组学与应用生物学, 2018, 37(05): 1868-1878.

DOI：10.13417/j.gab.037.001868

• ROCK1
• 草鱼
• RACE
• 基因克隆
• 组织差异表达

ROCK1是ROCK(即Rho激酶)家族的成员之一,ROCK家族是小G蛋白Rho的下游效应因子,被Rho蛋白激活后ROCK1作用于下游效应分子,对其介导的信号通路进行调节,参与细胞增殖、迁移、形态改变等。ROCK1与组织纤维化、癌症、心血管等疾病的发生密切相关。本实验采用c DNA末端快速扩增法克隆草鱼ROCK1基因全长序列,预测并分析其编码的蛋白,采用实时荧光定量PCR法检测草鱼ROCK1基因的组织差异表达。实验首次克隆获得了草鱼ROCK1基因全序列,长4 604 bp,编码1 361个氨基酸;草鱼ROCK1氨基酸序列与金线鲃、斑马鱼、鲤鱼ROCK1的氨基酸序列同源性分别达95%、94%、94%,同源性较高;草鱼ROCK1蛋白分子量158 035.73,理论等电点5.69,为亲水性非分泌蛋白,无信号肽;其二级结构包括α-螺旋(α-helix)、β-重叠(β-strand)和环(loop)。组织差异表达显示草鱼ROCK1基因在各组织中均有表达,其中在脑和血液中表达量最高(p<0.05),其次为鳃、心脏、肾脏、脾脏和前肠组织,肌肉和肝脏组织表达量较低,皮肤组织表达量最低,所得结果将为后续研究草鱼组织纤维化奠定基础。

• 单位
  农业部; 生命学院; 上海海洋大学