“创新飞地”是长三角区域跨界创新合作的重要方式，有利于实现飞入地与飞出地实现创新资源共享、优势互补、共同发展。在长三角一体化背景下，创新飞地合作呈现出产业定位清晰、政府主导明显、集约优势突出、跨界一体合作等特征，但同时也受到管理体制、社会保障、产业政策、科技成果与利益共享机制缺失等因素的制约。基于长三角高质量一体化发展目标，建议重视长三角创新飞地合作的顶层设计、建立协商与利益共享机制、明确功能分工和构建创新网络，优化创新飞地运营模式。
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