中华鳖脾脏转录组比较及免疫相关基因分析

作者：童正飞; 胡亚洲^*; 谭进; 王佩; 陈贞年; 田钰; 王晓清^*

来源：基因组学与应用生物学, 2020, 39(12): 5449-5456.

DOI：10.13417/j.gab.039.005449

• 中华鳖
• 脾脏
• 免疫基因
• KEGG
• qRT-PCR

由于中华鳖集约化养殖的不断发展,导致其养殖环境不断恶化、疾病频发,严重制约了中华鳖养殖产业的可持续发展。为了揭示中华鳖抗病分子机制,本研究利用Illumina HiSeqTM2500高通量测序平台对感染嗜水气单胞菌的中华鳖脾脏组织进行转录组de novo测序,共获得48 884条Unigenes。将Unigene与COG、GO、KEGG、KOG、Pfam、Swissprot、egg NOG和NR数据库进行比对,共获得17 202条注释信息。生物信息学分析结果显示共有2 300条Unigenes表达差异显著,其中上调899条、下调1 401条。对差异基因进行KEGG通路富集分析,结果显示显著富集的前20个通路中有3条免疫相关通路(Intestinal immune network for Ig A production pathway, Hematopoietic cell lineage pathway和Fc gamma R-mediated phagocytosis pathway)。根据KEGG和GO注释信息,共筛选得到36个差异表达的免疫相关基因,按功能将其分为8类:Antigen processing and presentation、Innate immune molecules、T/B cell activation and proliferation、Toll-like receptor signaling pathway、Cell adhesion、immunity signaling molecule、Complement activation和Chemokines and chemokine receptors。最后,从免疫相关基因中随机挑选18个基因进行qRT-PCR验证,结果显示变化趋势与转录组测序分析结果基本一致,说明转录组数据结果真实可靠。

• 单位
  湖南农业大学