基于逻辑回归模型的甜玉米胚乳突变基因预测模型研究

作者:卢媛; 付晓燕; 王晨宇; 俞尧; 张超; 胡颖雄; 孙萍东; 关媛; 卢有林; 卫季辉; 施标; 王慧*; 郑洪建*
来源:分子植物育种, 2023, 1-8.

摘要

sugary1 (su1)和shrunkern2 (sh2)基因是控制甜玉米胚乳突变类型的重要基因,已被广泛应用于甜玉米育种。本研究在300份甜玉米中进行较为系统的胚乳突变类型分析,使用逻辑回归算法构建预测模型,通过5折交叉验证的方法评估,筛选出与sh2和su1胚乳突变基因相关的SNP位点,分别得到了56个SNP和7个SNP的位点集合。此外,基于上述SNP位点集合建立了Elastic net回归和Lasso回归两种回归预测模型,用于预测sh2和su1胚乳突变基因型。两种模型的AUC (Area under curve)分别为0.86和0.89。本研究为推动普甜玉米和超甜玉米精准育种提供了有效的工具。