辽细辛叶绿体基因组密码子使用偏好性分析

作者：孙英新; 李靖; 艾强; 吕泽良; 刘翠晶; 杨利民

来源：分子植物育种, 2021, 1-11.

• 辽细辛
• 叶绿体基因组
• 密码子偏性
• 最优密码子

确定中草药辽细辛叶绿体基因组密码子使用偏好性及其成因。密码子使用特性利用CodonW 1.4.2软件和CUSP程序分析50条经筛选的CDS序列，结合中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析，最终确定最优密码子。结果：叶绿体基因组密码子不同位置碱基GC含量的总体趋势为GC1（47.60%）＞GC2（40.25%）＞GC3（30.96%），ENC值与GC3呈极显著正相关，RSCU值大于1的密码子数量有31个，其中30个密码子以A/U结尾，仅1个以G结尾，表明密码子第3位碱基偏好以A/U结尾；ENC值分布在38.10～58.19之间，平均值为48.77，存在较弱密码子使用偏性；进一步分析发现自然选择是影响辽细辛密码子使用偏性的主要因素；以ENC值和RSCU值为参考，共筛选出18个最优密码子，除UUG外，其余17个密码子均以A/U结尾。该结论可为辽细辛的叶绿体基因工程、系统进化、环境适应等研究提供参考依据。

• 单位
  吉林农业大学