高通量测序分析冠心病患者外周血LncRNA表达差异

作者：李平; 徐桂冬; 庞智; 翁嘉懿; 尹娟; 孙康云^*

来源：南京医科大学学报(自然科学版), 2018, 38(12): 1696-1700.

• 冠心病
• 长链非编码RNA
• 高通量测序
• 外周血单核细胞

目的:发现外周血中与冠状动脉粥样硬化性心脏病(冠心病)相关的未知长链非编码RNA(LncRNA)。方法:选取临床冠心病组及对照组各3例外周血血浆样本进行LncRNA高通量测序表达谱分析,使用cuffdiff软件获得LncRNA表达谱,计算两组样本间的倍数变化和P-value值,筛选差异表达LncRNA。Q-PCR法验证36对冠心病和正常组外周血浆及外周血单核细胞中的基因表达水平。结果:测序结果分析发现差异表达明显的45个上调表达及29个下调表达的LncRNA。Q-PCR法筛选出3个在冠心病患者外周血单核细胞中上调表达明显的LncRNA:uc003pxg.1,ENST00000565257,ENST00000568324。ROC曲线下面积分别为0.812 5,0.742 4,0.742 4。以上基因在冠心病患者中上调表达均差异显著,与测序结果一致。结论:初步从冠心病患者外周血样本中筛选出上调表达的LncRNA,这为后续深入研究奠定基础,为LncRNA用于冠心病临床早期筛查提供理论依据。

• 单位
  南京医科大学; 中心实验室