R语言下食管鳞状细胞癌关键驱动基因富集分析的生物信息学研究

作者：王子明; 李新阳; 姚歌; 王钰鲲; 王新帅; 原翔; 张广平^*

来源：食管疾病, 2020, 2(01): 55-62.

DOI：10.15926/j.cnki.issn2096-7381.2020.01.011

• 食管鳞癌
• 差异表达基因
• 关键基因
• 富集分析
• PPI
• 生存分析

目的本研究利用食管鳞状细胞癌(ESCC)相关微表达矩阵芯片数据,筛选出与ESCC发生、发展显著相关的关键通路及关键基因,并对关键基因所在的功能模块进行GO和KEGG富集分析、蛋白-蛋白相互作用分析以及关键基因在ESCC患者中的生存分析。方法从GEO数据库获得了GSE38129微表达矩阵芯片数据,利用R语言及其相关的软件包进行数据处理和差异表达分析,所有差异表达基因选取"FDR<0.05及logFC≥2或log2FC≤-2"为阈值。结果本研究筛选出51个上调基因和81个下调基因进行GO和KEGG富集分析,并将筛选出来的关键基因进行生存预后分析,表明PBK、VCAN、DLGAP5、ADAT2、TOP2A与ESCC生存期相关。结论利用生物信息学方法筛选出ESCC发生、发展过程中的关键基因和信号通路,为ESCC的诊疗提供潜在的候选靶点。

• 单位
  河南科技大学; 河南科技大学第一附属医院