3种猪冠状病毒N基因密码子偏好性及宿主适应机制研究

作者：孙守湖; 陈志飞; 郭智轩; 俞婷; 王修武; 李松倍; 魏文康; 贺东生

来源：中国畜牧兽医, 2023, 50(06): 2403-2413.

DOI：10.16431/j.cnki.1671-7236.2023.06.025

• 猪流行性腹泻病毒
• 猪传染性胃肠炎病毒
• 猪丁型冠状病毒
• N基因
• 密码子偏好性

【目的】研究猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪丁型冠状病毒(PDCoV)的N基因密码子偏好性差异及其影响因素。【方法】从GenBank数据库中下载上述3种猪冠状病毒(PoCoV)的全基因组序列，通过EMBOSS explorer、CALcal、DAMBE及CodonW等网站及软件计算有效密码子数(ENC)、相对同义密码子使用度(RSCU)等参数并进行ENC绘图、奇偶偏好性和中性绘图分析等。【结果】3种猪冠状病毒的N基因序列的ENC分布在48.99～54.96,其中PEDV、TGEV和PDCoV的ENC分别为53.74±0.61、50.09±0.88和0.72±0.65;RSCU分析显示，3种猪冠状病毒N基因偏好的密码子各不相同，但一般都偏好以U结尾；ENC绘图分析显示，3种猪冠状病毒的N基因数值点均位于标准曲线下方位置；奇偶偏好性分析显示全部散点位于y=0.5以下，且矢量向左下侧偏倚；中性绘图分析显示，3种病毒N基因绘图分析中回归曲线的斜率均接近0。3种猪冠状病毒的S和N基因在牛、猪、犬、人、鸡中的CAI值逐渐增高，RCDI值逐渐降低并接近于1。【结论】PEDV、TGEV、PDCoV的N基因密码子偏好性存在差异且密码子偏好性均较弱，3种猪冠状病毒的N基因表现为“CpG二核苷酸缺失”;自然选择作用是这3种猪冠状病毒N基因密码子偏好性形成的主要进化压力；人、猪、鸡3种宿主均适合3种猪冠状病毒的N基因表达，且PDCoV的S和N基因均更适合在鸡中表达。

• 单位
  华南农业大学; 广东省农业科学院农业生物基因研究中心; 广东省动物源性人兽共患病预防与控制重点实验室