新时代下粤港澳大湾区的法治建设具有重要的实践价值与示范意义。由于内地与港澳地区在法律制度上存在的种种差异,导致粤港澳大湾区内在刑事法律适用问题上存在不可避免的分歧,增大了该区域对跨境违法犯罪行为的管控风险与打击难度,难以充分保障与服务粤港澳大湾区的区域创新。解决之道在于充分评估三地刑事法律制度的异同,总结与反思现有刑事法律适用模式与存在问题,创新和探索具有中国特色的刑事司法协助体系,完善粤港澳大湾区刑事法律适用的思路与对策。