基于全基因组SNP高效鉴定水稻种质资源并构建指纹图谱

作者：李梓榕; 袁雄; 陈叶; 郑兴飞; 胡中立; 李兰芝^*

来源：分子植物育种, 2020, 18(18): 6050-6057.

DOI：10.13271/j.mpb.018.006050

• 水稻
• 单核苷酸多态性
• DNA指纹图谱
• 品种身份证

为加强水稻种质资源的管理及保护,针对SNP鉴定费用昂贵的缺陷,本研究发展了一种快速筛选单核苷酸多态性(SNP)标记构建DNA指纹图谱的方法。本研究首先采用"分而治之"和"贪婪"的组合策略从全基因组SNP标记中筛选出可鉴定全部参试材料的SNP组合,再通过程序循环精简其中的SNP标记,用少量的SNP标记构建指纹图谱。利用该方法对117个水稻种质SNP标记进行筛选,最少用12个SNP标记可完全鉴定该套种质。为提高种质鉴定的容错能力,进一步采用由39个核心SNP标记组成的SNP并集组合构建指纹图谱。本研究为精简SNP构建指纹图谱提供了新的有效途径,构建的种质指纹图谱结果亦可为水稻种质资源鉴定提供一定参考。

• 单位
  湖南农业大学; 武汉大学; 湖南杂交水稻研究中心; 杂交水稻国家重点实验室