本文对当前蛋白质结构比较研究的现状进行跟踪。介绍了蛋白质结构比较的原始算法以及结构比对的现状,并对应用于结构比较中的各种方法进行简评。由于相关统一的评价标准还没形成,因此很难对各种算法本身进行准确到位的评估,不过,各种算法的提出为蛋白质领域的相关研究奠定了坚实的基础,它们帮助人们从各个侧面对蛋白质进行深入了解,在蛋白质组学里发挥着越来越重要的作用。