基于生信分析筛选胆囊癌关键基因及相关通路的研究

作者：殷晓晓; 薛小峰; 赵华^*

来源：中国肿瘤外科杂志, 2021, 13(01): 12-19.

• 胆囊癌
• 生物信息学分析
• 差异基因
• 靶点

目的通过生信分析筛选胆囊癌治疗的关键基因及癌症相关通路,挖掘胆囊癌患者的差异基因,预测胆囊癌的潜在治疗靶点。方法对GEO数据库中获得的芯片数据进行差异基因(DEGs)分析。选取NCBI-基因表达综合数据库(GEO)中的基因表达芯片"GSE76633"和"GSE74048",利用GEO2R在线分析工具对胆囊癌样本和正常胆囊样本中的差异基因进行筛选。在DAVID和KOBAS上对差异基因进行生物过程(GO)分析和通路富集(KEGG)分析。使用蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析数据库STRING构建靶点互作(PPI)网络模型。结果该研究共筛选了197个差异基因(P<0.05,|Log2FC|>2),其中有33个上调基因,164个下调基因。这些基因主要参与了代谢过程的调节,脂肪酸β-氧化、氧化-还原过程等GO生物过程。主要调控代谢途径,甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢,缬氨酸亮氨酸和异亮氨酸降解,抗生素的生物合成等。结论该研究利用生物信息学筛选出胆囊癌中的差异基因及相关通路,帮助理解其分子机制及在胆囊癌发病机制和发生、发展过程中的作用,为寻找胆囊癌新的治疗靶点提供思路。

• 单位
  苏州大学附属第一医院