整合素连接激酶在食管鳞状细胞癌中的表达和生物信息分析

作者：刘娟; 魏瑜; 高艳; 曹雷雨; 马晓丽; 张莉^*

来源：新疆医科大学学报, 2022, 45(06): 581-587.

• 整合素连接激酶
• 食管鳞癌
• 数据库
• 分子机制

目的 基于生信数据挖掘整合素连接激酶（Integrin linked kinase,ILK）参与食管鳞癌的潜在机制，探讨ILK在食管鳞状细胞癌（简称食管鳞癌）中的表达及临床意义。方法 收集2008年7月—2015年4月在新疆医科大学第一附属医院肿瘤科诊断为食管鳞癌的52例患者血液标本作为实验组。同期年龄、性别相匹配的健康体检者26例作为正常对照组。利用同位素相对和绝对定量（iTRAQ）技术筛选出参与食管鳞癌的差异蛋白，通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)、蛋白免疫印迹（Western blot,WB）法验证其在食管鳞癌与正常食管上皮细胞中的表达；运用UALCAN分析食管鳞癌芯片中ILK表达与预后相关性；利用Linked Omics和Cytoscape软件获得ILK共表达基因集，并进行基因功能分类体系（Gene ontology,GO）和京都基因和基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）富集分析；结合String和Cytoscape筛选出前10位的核心基因（Hub gene）并构建蛋白质—蛋白质相互作用网络图（PPI）；通过GEPIA分析Hub gene mRNA水平在食管癌组织中的表达及预后关系。结果 ILK在食管鳞癌患者血清中高表达（P<0.05）;qRT-PCR、Western blot法结果显示，食管鳞癌TE-1和KYSE150细胞中的ILK相对表达量均显著高于正常食管上皮SHEE细胞（P<0.05）；相同病理组织分化程度下，ILK高表达可显著降低食管鳞癌患者总生存期（P<0.05）;Linked Omics分析获得175个共表达基因；GO分析生物学过程主要富集在金属内肽酶抑制剂活化、负调控通路受限的SMAD蛋白磷酸化等，细胞组成主要在细胞外基质、细胞骨架等，分子功能主要为整合素结合、生长因子结合等；KEGG富集在细胞外基质受体相互作用、TGFβ信号通路、黏附等。PPI分析筛选出前10位的核心基因，如FN1等，数据库分析显示有9个在食管癌中异常表达，FN1和BGN高表达与患者无病生存期减少显著相关。结论 ILK参与食管鳞癌的发生、发展，ILK的高表达对食管鳞癌预后的判断具有一定的参考价值。

• 单位
  新疆医科大学第一附属医院