基于GEO数据库的硒酵母影响肉鸡肝脏差异表达基因的生物信息学分析

作者：张吉清; 马秀亮; 王桂英

来源：饲料研究, 2023, 46(23): 84-89.

DOI：10.13557/j.cnki.issn1002-2813.2023.23.016

• 硒酵母
• GEO数据库
• 肉鸡肝脏
• 差异表达基因
• 生物信息学分析

试验旨在筛选补充硒酵母后肉鸡肝脏的差异表达基因（DEGs），探究硒酵母影响肉鸡生长发育和健康的分子作用机理。研究从基因表达综合数据库（GEO）获取基因表达谱数据集，进行生物信息挖掘。结果显示，筛选出与硒酵母有关的600个DEGs，利用DAVID软件对其进行基因本体论（GO）、京都基因和基因组百科全书（KEGG）注释，显著富集18个生物学过程和12个KEGG通路；利用STRING数据库构建546个节点和905个边的蛋白互作网络（PPI）；利用Cytoscape软件筛选出6个枢纽基因（FN1、PLCG1、MYO3A、ITGA8、KDM6A和ATP2B2）和4个基因模块。研究表明，上述6个枢纽基因和心肌细胞中肾上腺素能信号、钙信号通路、同源重组、黏着斑及真核生物核糖体生物合成5个通路可能是硒酵母影响肉鸡生长发育和健康的关键基因和关键途径。

• 单位
  聊城大学