分子对接对人结直肠癌HLA-A*2402限制性抗原肽亲和力的预测作用

作者：朱影; 高岚岚; 施燕飞; 葛钻敏; 苏萌; 黄常新^*

来源：中国卫生检验杂志, 2021, 31(13): 1537-1541.

• 结直肠癌
• 抗原多肽
• 人类白细胞抗原I类分子
• 分子对接
• 亲和力预测

目的验证分子对接作为抗原肽与HLA亲和力预测的补充手段的可行性。方法用NetMHC4.0Server预测多肽与HLA-A*2402的亲和力值,选择最优化的抗原肽与HLA-A*2402对接的方法并计算结合能,MM-GBSA测算结合自由能,分析对接结合能与亲和力预测值与体外亲和力值和CTL活化比例值的相关性。结果 HLA-A*2402限制性抗原多肽的共用基序为x-L/T/S/Y/F-xxxxxx-N/L/I,主要通过氢键与HLA-A*2402分子结合,π堆积对于抗原多肽的体外亲和力、CTL活化率和结合自由能具有较好的预测作用。多肽的体外亲和力、CTL活化比例与对接结合能值呈显著相关性。结论抗原肽的锚定基序、分子间作用有望成为筛选结直肠癌抗原疫苗的特征,协助设定更合理的亲和力预测阈值。

• 单位
  浙江中医药大学; 杭州师范大学