脊尾白虾线粒体基因组SNP位点的筛选及其特征分析

作者：朱佶轩; 戴琴; 段健诚; 高娜; 高威; 阎斌伦; 高焕^*

来源：水产科学, 2021, 40(03): 387-393.

DOI：10.16378/j.cnki.1003-1111.20028

• 脊尾白虾
• SNP位点筛选
• 高分辨率熔解曲线
• 线粒体基因组

基于mtDNA全序列设计109对引物,利用高分辨率溶解曲线技术,对采自江苏省连云港和南通吕四港沿海地区养殖池塘中平均体长(5.23±0.33) cm的脊尾白虾潜在的单核苷酸多态性(SNP)位点进行筛查,以获得脊尾白虾线粒体基因组(mtDNA)上的SNP位点。结果显示,在109对引物中,有80对引物具有特异性扩增结果;高分辨率熔解曲线(HRM)检测分析表明,80对引物中有9对引物的扩增产物中含有SNP位点,共包含16个SNP位点。统计结果显示,脊尾白虾线粒体基因组中的SNP位点均为单倍型,分布频率为0.10/100 bp,其中转换突变(G/A和C/T)占全部SNP位点的87.5%,颠换突变(A/T)占12.5%,未出现插入、缺失等突变形式;定位分析发现,获得的16个SNP位点分布在脊尾白虾mtDNA的COX1、cob、COX2、tRNAAsp、nad1、nad4、nad5 7个区域,在COX1基因区域中SNP位点最多,有5个SNP位点,其次是在cob区域中有3个SNP位点;进一步比对SNP位点编码的对应氨基酸,结果显示同义SNP位点占总个数的43.7%,而非同义SNP位点相对较多,占56.3%,可能会导致蛋白质的性质和功能发生变化。本研究筛查出的SNP位点,将为进一步开展脊尾白虾的系谱鉴定和遗传多样性分析等工作提供帮助。

• 单位
  江苏省海洋生物技术重点实验室