基于SNP芯片分析的蓝塘猪遗传群体结构

作者：王晨; 马宁; 郭春和; 袁仁强; 曾检华; 宋德清; 张惠文; 陈瑶生; 刘小红^*

来源：广东农业科学, 2018, 45(06): 110-173.

DOI：10.16768/j.issn.1004-874X.2018.06.018

• 蓝塘猪
• SNP芯片
• 群体结构
• ROH
• 近交

为了保护和利用蓝塘猪种质资源,采用Illumina CAUPorince 50K SNP芯片对139头蓝塘猪进行遗传群体结构分析。结果显示,SNP芯片基因型分型的平均检出率高达98.24%,表明该芯片适合应用于中国地方猪。蓝塘猪的平均遗传距离值为0.3326±0.0339,主成分分析和G矩阵结果表明部分种猪之间亲缘关系较近。139头蓝塘猪种猪可以分成5个家系,分别为家系A、B、C、D和E,其中家系A、B、C和D均有种公猪。蓝塘猪的Y染色体共有两种单倍型,其中家系A和B属于单倍型A,家系C和D属于单倍型B。在蓝塘猪中共检测到1 680个ROH片段,1020 Mb长度的ROH数量最多、占44.52%,平均每个蓝塘猪的ROH数量为12.09(±5.90)个,平均总长度为246.90(±170.93)Mb。通过SNP芯片,从遗传水平反映了一个蓝塘猪种群的群体结构,为地方猪种的保种、开发与利用提供了有力工具。

• 单位
  广东壹号食品股份有限公司; 有害生物控制与资源利用国家重点实验室; 中山大学生命科学学院