栽培丹参居群外转录间隔区(ETS)遗传多样性分析

作者：冯洁; 尹艳艳; 廖芳; 孔德英; 马浩予; 唐嘉浩; 李关荣^*

来源：西南大学学报(自然科学版), 2022, 44(12): 29-38.

DOI：10.13718/j.cnki.xdzk.2022.12.004

• 丹参
• 栽培居群
• 外转录间隔区
• 遗传多样性
• 系统发育关系

为了解栽培丹参居群核糖体RNA基因外转录间隔区(ETS)的遗传多样性及其系统发育关系，该研究以征集到的国内40份栽培丹参居群为材料，采用PCR首次成功扩增了栽培丹参居群的ETS序列，利用生物信息学手段对其序列进行了分析比较.结果表明：40个栽培丹参居群的ETS序列长度为421～433 bp,其中32个栽培丹参居群ETS序列长度为422 bp; GC含量为56.8%～62.8%,向GC方向偏斜；共有241个单核苷酸多态性(SNP)变异位点，变异率高达54.8%,有205个简约信息位点；基于ETS序列的SNP指纹可以鉴定14个栽培丹参居群.贝叶斯分析表明：其最佳核苷酸替代模型为HKY+I.对ETS序列的遗传多样性分析表明：栽培丹参在物种水平上存在非常丰富的遗传多样性.中性检验显示其在p>0.10的水平差异不具有统计学意义，符合中性进化模型.基于ETS序列的系统进化树表明：40个栽培丹参居群聚类在2个系支上，其中最大似然法(ML)和邻近连接法(NJ)聚类结果一致，较最大简约法更适合丹参ETS聚类分析.

• 单位
  西南大学