一种精细药物分子对接模型和优化方法

作者:康玲; 李洪林; 赵晓宇; 王希诚
来源:应用基础与工程科学学报, 2008, (6): 802-810.
DOI:10.3969/j.issn.1005-0930.2008.06.004

摘要

首先阐述了分子对接设计的基本原理,然后在蛋白质受体中引入关键残基的概念,建立了一个新的柔性分子对接模型.以配体的中心坐标以及它和受体关键残基的旋转键角为设计变量,以设计变量的尺寸为约束,通过最小化分子间相互作用能得到分子的最优取向和构象.一个自适应的遗传算法被用于求解上述优化模型,该算法采用多种群遗传策略、信息熵控制的空间减缩搜索技术以及拟精确罚函数方法,较好地平衡了效率与精度之间的关系,从而

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