dapb1基因对诺卡菌系统分类和物种鉴定方法的建立与评价

作者：徐帅; 车彦林; 李臻鹏; 黄元铭; 韩李超; 李丹; 李振军^*

来源：疾病监测, 2022, 37(02): 191-197.

• 诺卡菌
• dapb1基因
• 系统分类
• 细菌鉴定

目的 评价dapb1基因对诺卡菌属系统分类和物种鉴定的能力。方法 从公共数据库中获得230株菌株（198株诺卡菌属菌株和32株非诺卡菌属菌株）基因组序列，从198株诺卡菌（90株模式菌株、31株标准菌株和77株临床菌株）基因组中提取dapb1基因，采用clustalo进行多序列比对，并用iqtree构建系统发育树。计算全基因组平均核苷酸一致性（average nucleotide identity, ANI），并对16S rRNA序列进行PCR扩增，扩增片段经纯化后测序，与dapb1基因鉴定结果进行比较。结果 基于dapb1基因对诺卡菌模式菌株构建系统发育树，90株诺卡菌模式菌株被分为5个进化分支，种间相似度为73.80%～97.74%，平均相似度为82.40%。将该方法应用于31株诺卡菌标准菌株和77株临床菌株，结果显示16S rRNA基因与ANI一致率为77.7%，而dapb1基因与ANI一致率为100%,dapb1基因比16S rRNA基因具有更高的分辨率和准确性，可对诺卡菌进行准确的定种。其98.08%的序列相似度可作为诺卡菌菌种鉴定的界值。结论 dapb1基因具有良好的种间分辨率，可对诺卡菌进行快速、准确的定种，能够真实反映诺卡菌种间的系统发育关系，可应用于诺卡菌菌群遗传结构分析、暴发溯源和流行株的传播监测。

• 单位
  传染病预防控制国家重点实验室; 温州医科大学; 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所