目前传统的疫苗是依据经验研发的,而它们调节免疫系统的具体过程仍不完全清楚。当前的疫苗研发过程中有许多需要考虑的问题,例如某些体质特别低下的人群注射疫苗后疾病再发的风险问题,对于特别复杂或极易变异的病原体制备个性化疫苗的需求以及疫苗可能引发的自身免疫和过敏反应的风险等,这些问题都是疫苗研发道路上的绊脚石。而免疫信息学则为这些研究铺平了道路,有助于人们更好地理解某些传染病的发病机理、免疫反应以及诊断方式,同时促进了计算免疫学的发展。