编制政府综合财务报告是我国推进政府会计制度改革的一项重要举措。政府综合会计报表属于合并会计报表范畴,需要对同级政府部门会计主体间的往来经济业务和事项进行抵销。纵向科研经费是科学事业单位重要收入组成,如何对其进行及时准确的会计核算,实现同级政府部门间业务和事项抵销,成为编报中央和地方政府综合财务报告的难点之一。本文以自然科学基金为例,探讨基于政府财务报告编制的纵向科研经费会计核算处理思路。