摘要
为筛选酸角的功能基因和提供遗传育种序列信息,本研究采用转录组测序技术对两种不同类型酸角3个时期胚乳愈伤组织的18个样本进行测序,结果显示每个样品的Q30均大于92%,Denovo组装后获得56 966条Unigenes,分别与NR、GO、KEGG、Pfam、eggNOG和SwissProt 6个数据库进行比对。31 259条Unigenes比对到NR数据库,其中比对的物种分布最多的是大豆(16.59%);被注释到GO数据库的Unigenes有15 960条,分为3大类和67亚类;被注释到eggNOG数据库的Unigenes有30 599条,占总Unigenes数的53.71%;共有12 893个基因参与35条代谢通路,占总Unigenes的22.63%。20 013条Unigenes中发现SSR位点31 160个,SNP位点中Homo和Hete位点平均为27 671个和86 718个,7 529条Unigenes共涉及58个家族的转录因子。本研究通过构建酸角转录组数据库并进行基础生物信息学分析,为后续酸角胚乳愈伤组织生长和发育的进一步研究提供基础数据。
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