广东省牛流行热病毒分离株JM 2020的全基因组测序及进化分析

作者：贾荣荣; 汪祥斌; 贾坤^*

来源：华南农业大学学报, 2023, 44(03): 382-390.

• 牛流行热病毒
• G基因
• 进化分析
• 全基因组序列分析

【目的】分析广东省牛流行热病毒(Bovine ephemeral fever virus,BEFV)分离株JM 2020与其他地区毒株的进化关系，阐明遗传进化与全基因组的特征，为中国乃至世界对牛流行热疾病的流行情况以及预防该疾病提供有用信息。【方法】根据从GenBank下载的BEFV毒株的全基因组序列信息，设计引物PCR扩增糖蛋白(Glycoprotein,G)基因；另设计10对引物用于扩增全基因组，送测序得到10个片段的基因序列，运用DNAStar软件中的EditSeq手动编辑和拼接获得全基因组序列。运用MEGA 6.0分别构建G基因和全基因组进化树进行进化分析。【结果】JM 2020毒株的G基因和全基因组与泰国毒株的核苷酸序列相似性均最高，分别为94.9%～99.3%和99.0%，进化分析表明JM 2020与2013—2017年泰国毒株处于同一小分支，而与JB76H、JT02L等国内毒株有一定进化距离。全基因组测序结果表明，JM 2020全基因组长度为14 902个核苷酸(nt)，包括50 nt的前导序列，1 296 nt的核蛋白(Nucleoprotein,N)基因，837 nt的磷蛋白(Phosphoprotein,P)基因，672nt的基质蛋白(Matrixprotein,M)基因，1 872 nt的G基因，1 812 nt的非结构糖蛋白II (Non-structural glycoprotein II,GNS)基因，618 nt的α1、α2基因，444 nt的β基因，345 nt的γ基因，444 nt的RNA依赖性聚合酶(Large multi-functional enzyme,L)基因和73 nt的尾随序列，且分别被21、47、68、67、23、64、59、79和35nt的区域隔开。JM 2020、qy2017及泰国毒株均出现P′基因(P基因多顺反子产物)截断的特征。【结论】JM2020毒株与2017年分离毒株qy2017序列相似性高且均与泰国毒株进化关系较近，与JB76H等我国其他地区毒株有一定进化距离。该研究丰富了中国BEFV流行株的基因组信息，为牛流行热疫病综合防控及开发新疫苗奠定了基础。

• 单位
  华南农业大学