白菜NPF基因家族成员的鉴定及其生物信息学分析

作者：马嘉俊; 吴英华; 李璿; 李梅兰; 侯雷平^*

来源：河南农业科学, 2021, 50(09): 117-127.

DOI：10.15933/j.cnki.1004-3268.2021.09.014

• 白菜
• NPF基因家族
• 生物信息学
• 理化性质
• 保守基序

NPF基因家族是植物体内普遍存在的硝酸盐转运蛋白,同时负责硫苷、多肽、钾盐、植物激素等物质的运输。为了明确白菜NPF基因家族的功能和进化关系,利用生物信息学方法鉴定了白菜的NPF基因家族成员,并对NPF基因家族蛋白进行了理化性质、二级结构、亚细胞定位、保守基序分布以及与拟南芥的进化关系分析,对白菜NPF基因家族成员进行了基因结构以及染色体定位分析。结果表明,白菜NPF基因家族共有72个成员,编码蛋白质的氨基酸数量在497～1 117个,分子质量在54.49～123.21 ku,等电点在5.72～9.47,大部分为稳定的碱性蛋白。二级结构以α-螺旋为主,其次是无规则卷曲,亚细胞定位预测均在质膜上。系统进化树将白菜NPF基因家族蛋白分为8个亚族,其保守性较高。白菜NPF基因家族成员大部分含有4个CDS序列。72个NPF基因家族成员不均匀地分布在白菜10条染色体上。

• 单位
  山西农业大学