为缓解户部财政压力,嘉隆时期明廷开展整理屯政运动。嘉靖二十九年(1550)之前,清军御史增加了督查屯政的职能,涉及区域从甘肃扩展至大同以西。屯政整理通常是地方官员自发组织,朝廷支持。嘉靖二十九年(1550)以来,迫于严峻形势,明廷派遣巡按御史和刑部官员强制督查九边屯政。隆庆以来,明廷初步纠正了督查官员职能重复的弊病,也注意整理腹里地区的屯政。嘉隆时期的屯田收入较正德时期虽有了显著增长,但与洪武永乐时期相比还存在相当的差距。屯田虽然具有重要地位,但无法替代户部年例银的作用。