熊猫EST序列的生物信息学分析

作者：张帅团; 邵俊红; 白俊艳^*; 樊红灯; 陈梦柯; 牛程炜; 王龙威; 李静云; 王新乐; 王亮

来源：当代畜禽养殖业, 2021, (05): 29-31.

DOI：10.14070/j.cnki.15-1150.2021.05.008

• 熊猫
• EST
• SSR
• 生物学信息

熊猫是我国的国宝,是生物界的"活化石"。但是由于种种原因,熊猫的数量逐渐减少,其中繁殖率低是一个很重要的因素。所以通过各种方法提高熊猫的繁殖率就显得尤为重要,而熊猫基因组序列图谱的绘制不失为解决这一问题的好办法之一。本文运用生物信息学方法分析了公共数据库中熊猫EST序列,以期为熊猫基因组学研究提供科学依据。研究结果表明:从NCBIdbEST数据库中获得709条熊猫的EST,并对其预处理、拼接和聚类,获得46条Contig和527条singlets。利用在线软件SSRIT对636条EST进行SSR筛选分析,共获得150个SSR,出现频率26.17%,平均每1.79 kb就出现一个SSR。熊猫EST—SSR中二核苷酸SSR最多为124条,比例为82.67%;其次是三核苷酸,共有21条,比例为14%;四核苷酸共有5条,比例为3.33%;不包含五、六核苷酸。熊猫EST—SSR一共有31种重复基元,其中出现最多的是AT/AT和AG/CT。在筛选出的150条SSR中,重复数为4次的SSR有117个,重复数为5次的有19个,6次的有8个,7次的有1个,8次的有3个,9次的有2个。对部分含有SSR的EST序列进行了开放阅读框查找和理化性质分析,其中除6条未能找到开放阅读框外,其他的EST都能找到开放阅读框,最大的开放阅读框为561 bp,最小的为75 bp。

• 单位
  河南科技大学; 动物科技学院