恶臭假单胞菌的正丁醇耐受性驯化及比较基因组学分析

作者：肖琳; 吴安宁; 许国超; 韩瑞枝; 倪晔^*

来源：食品与生物技术学报, 2020, 39(10): 65-72.

• 恶臭假单胞菌
• 有机溶剂耐受性
• 正丁醇
• 基因组重测序
• 功能注释

恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida)是一类非常重要的工业微生物,广泛用于环境修复、生物活性物质合成等方面。作者采用常压室温等离子体诱变技术(atmospheric and room temperature plasma,ARTP)对实验室保藏的恶臭假单胞菌901进行随机诱变,以正丁醇作为筛选压力进行驯化培养,最终筛选得到一株能耐受12 g/L正丁醇的突变株。通过Illumina HiSeq平台进行全基因组重测序和生物信息学分析。结果显示共获得大约1 900万对reads,平均读长为150 nt,与参考基因组的片段配对率为92.03%,覆盖率为90.34%。共检测到40 704个单核苷酸位点变异(singlenucleotide variation,SNV),其中纯合的为39 319个,杂合的为1 385个;存在2 153个基因小片段插入/缺失序列(insert&deletions,InDels),其中纯合的突变位点数量为1 871个,杂合的突变位点数量为282个。最后,将所有突变进行GO/KEGG数据库功能注释,发现突变数目最多的是代谢相关基因,其中以氨基酸代谢和糖代谢路径相关基因为主。

• 单位
  江南大学; 工业生物技术教育部重点实验室; 生物工程学院