转录组测序技术筛选安徽乌菜与普通白菜的差异表达基因

作者：王明霞; 田红梅; 江海坤; 贾利; 王艳; 方凌^*

来源：中国蔬菜, 2018, (12): 23-28.

DOI：10.19928/j.cnki.1000-6346.2018.12.005

• 乌塌菜
• 普通白菜
• 转录组测序
• 差异表达基因

乌塌菜是白菜亚种的一个变种,叶面上有皱泡是安徽乌菜区别于其他白菜亚种的一个典型特征。采用Illumina高通量测序技术对安徽乌菜(黄心乌和黑心乌)和叶面平展的普通白菜进行转录组测序,共获得27.75 Gb clean data,各样品clean data均达到4.00 Gb,Q30碱基百分比在90.53%以上。将测序数据进行de novo拼接后得到127 988条转录本和46 950条unigene,平均长度分别为1 327.71 bp和856.26 bp。以FDR(false discovery rate)<0.01且差异倍数FC(fold change)≥2为标准筛选安徽乌菜和普通白菜的差异表达基因,共筛选到1 296个差异表达基因。对所得差异表达基因进行不同数据库比对,共有1 156个差异表达基因被注释,其中1 150个差异表达基因注释到nr数据库;864个差异表达基因注释到GO数据库;200个差异表达基因注释到KEGG数据库,分属80条代谢通路。

• 单位
  安徽省农业科学院园艺研究所