冠心病m6A修饰差异关键基因的筛选与验证

作者：罗荔; 涅鲁排尔·热依木江; 金颖; 罗梅^*

来源：新疆医科大学学报, 2021, 44(06): 683-690.

• 冠心病
• m6A修饰
• 差异基因
• 生物信息学

目的应用网络平台和生物信息学探讨冠心病m6A修饰差异基因,为临床研究和分子诊断提供理论支持。方法下载基因芯片数据集GSE113079和GSE64554,使用R语言limma对数据进行标准化,基于贝叶斯函数鉴定数据集的差异表达基因。筛选出所有m6A甲基化修饰基因,qPCR验证差异倍数排名前10的基因在冠心病患者PBMCs中的表达。R语言ClusterProfile对所筛选出的差异基因进行基因本体(GO)和基因组百科全书(KEGG)分析,String数据库分析差异基因编码蛋白的互作网络。受试者工作特征曲线(ROC)分析核心差异基因对冠状动脉疾病(CAD)预后的影响。结果从PBMCs、EAT、SAT中各筛选出598、298、316个差异基因。CAD患者中前10个差异基因中,HNRNPA2B1、IGF2BP2、ALKBH5和LRPPRC在冠心病患者PBMCs、EAT和SAT中表达量高,而WTAP、METTL14、FTO、HNRNPC、FMR1和YTHDF1在对照组中表达更高。qPCR方法验证FMR1的表达量与测序结果相反。GO富集分析可见这些差异基因主要与负调控翻译、mRNA稳态调控、RNA代谢等过程相关。KEGG分析这些基因富集在内质网蛋白过程、抗原处理和展示、心肌收缩等信号通路。蛋白互作分析表明HNRNPA2B1、YTHDF1、FTO等与其他基因存在较强的互作作用。ROC分析显示YTHDF1的诊断价值最佳。结论应用生物信息学可有效分析冠心病的m6A修饰差异基因,YTHDF1可作为预测冠心病的分子标记物。

• 单位
  新疆医科大学第五附属医院