基于序列模式特征和SVM的剪切位点预测

作者：孙贺全; 彭勤科; 张全伟

来源：计算机工程, 2009, (05): 180-182.

• 序列模式
• 剪切位点
• 支撑向量机 sequence motif
• splice site
• Support Vector Machine(SVM)

通过对HS3D数据集供点序列碱基的统计分析,利用供体位点邻域碱基出现规律构造模式(motif)作为DNA序列的属性。设置序列属性值将字符序列映射成数字向量,应用支撑向量机进行实验,实现对供体位点的预测分类。实验结果表明,与改进的motif得分模型方法相比,该文方法可有效去除数据中异常数据对分类的影响,将DNA字符序列变换到motif属性数字序列空间具有有效性和实用性。

• 单位
  西安交通大学机械制造系统工程国家重点实验室; 西安交通大学